Modernizácia technickej infraštruktúry a budovanie experimentálneho pozadia pre aplikáciu moderných vedeckých metód v štúdiu biologickej podstaty agrobiodiverzity.
Zlepšenie súčasnej metodológie a zavedenie nových metodických postupov pre  výskum biodiverzity a rozpracovanie nových spôsobov hodnotenia genetických zdrojov rastlín z hľadiska produkcie a kvality a integrovanie poznatkov zo špecifických vedných disciplín (genetika, fyziológia rastlín, ochrana rastlín, ekológia rastlín).
Posilniť výskum mechanizmov agrobiodiverzity so zameraním na genetické zdroje pre základné a funkčné potraviny, ako aj z hľadiska možného využitia na energetické účely.
Posilniť výskum funkčných vzťahov v rastlinných ekosystémoch a adaptability na klimatické extrémy, abiotické (sucho a vysokú teplotu) a biotické faktory prostredia.
Vytvoriť vedecko-výskumný priestor kompatibilný so špičkovými zahraničnými  pracoviskami, zefektívniť medzinárodnú vedecko-technickú spoluprácu a dosiahnuť výstupy vo forme kvalitnej publikačnej činnosti a pre rozvoj vedeckých škôl FAPZ